El fundador de la escuela previa al Eishin Ryu fue Hayashizaki Jinsuke Minamoto no Shigenobu (林崎甚助源の重信). Hayashizaki nació en la provincia de Dewa, Oshu (actual prefectura de Yamagata). Vivió hacia 1546-1621 en la actual prefectura de Kanagawa[ Muchos de los detalles históricos de la vida de Hayashizaki son sospechosos, ya que, como la mayoría de los artistas marciales famosos de Japón, su historia ha sido ampliamente ficcionalizada. Parece ser que creció en una época de guerra constante en Japón y estuvo expuesto a los métodos de lucha con espada desde una edad temprana. Según la leyenda, el padre de Hayashizaki fue asesinado y, para vengarse, empezó a entrenarse en serio. Acudió al santuario Hayashizaki Meijin para rezar y recibió inspiración divina para una nueva técnica que consistía en desenvainar la espada y atacar con un solo movimiento. La leyenda cuenta que acabó derrotando al asesino de su padre.
Tras esto, Hayashizaki continuó su peregrinaje por las artes marciales, entrenando con espadachines de renombre y atrayendo a sus propios alumnos (como Tamiya Heibei, fundador de Tamiya Ryu (Tsumaki)). Hayashizaki estableció su propio estilo de esgrima, al que llamó Shinmei Muso Ryu (神明無双流).
El arte de Hayashizaki ha tenido muchos nombres desde su creación, como Hayashizaki Ryu (林崎流) o Jūshin ryu (重信流). Se considera la base de muchos de los principales estilos de iai que se practican en la actualidad, en particular Muso Jikiden Eishin Ryu y Muso Shinden Ryu.
El soke de séptima generación de la escuela de Hayashizaki, Hasegawa Chikaranosuke Hidenobu (Eishin), fue uno de sus directores más importantes. Ejerció una gran influencia en la escuela. En particular, adaptó las técnicas desarrolladas originalmente para el tachi al uso de la katana contemporánea. Ideó muchas técnicas nuevas, algunas de las cuales forman ahora el conjunto Tatehiza no Bu (Chūden). La influencia y adaptación de Hasegawa hizo que el estilo recibiera el nombre de Hasegawa Eishin Ryu. También se hacía referencia a él como Hasegawa Ryu o simplemente Eishin Ryu.
Oe Masaji demostrando la técnica de la espada. La línea de Jinsuke-Eishin, llamada Tanimura-ha, fue creada por Goto Magobei Masasuke (m. 1898) y Oe Masaji Shikei (1852-1927). Fue Oe Masaji Shikei quien comenzó a referirse formalmente a su rama de iaido como Muso Jikiden Eishin Ryu 無双直伝英信流 durante la era Taisho (1912-1926).
Algunos consideran a Hasegawa como el fundador principal de Eishin Ryu, lo que le convertiría en el soke de la primera generación en lugar de la séptima y haría de Shinmei Muso Ryu una escuela matriz de Muso Jikiden Eishin Ryu.
El soke de la novena generación fue Hayashi Rokudayū Morimasa. Hayashi introdujo un conjunto de técnicas ejecutadas desde la posición formal seiza sentado. Se cree que estas técnicas fueron desarrolladas por el maestro de kenjutsu de Hayashi, el espadachín de la Shinkage Ryu Omori Rokurozaemon, y se dice que están influenciadas por la etiqueta de la Ogasawara Ryu, de ahí que comenzaran desde seiza. Se enseñaban junto a Eishin Ryu como Omori Ryu. Hayashi fue el encargado de introducir la escuela en el dominio de Tosa a instancias de la familia gobernante Yamauchi.
Cuando la escuela arraigó en Tosa, pasó a denominarse Tosa Eishin Ryu. Eishin Ryu y Omori Ryu se enseñaban a la familia Yamauchi, con algunas peculiaridades (como el movimiento exagerado de las piernas para justificar las largas hakama).
Tras la muerte del undécimo director, Oguro Motozaemon, la escuela se dividió en dos ramas. Más tarde se conocieron como Tanimura-ha y Shimomura-ha (en honor a sus respectivos 15º y 14º directores, Tanimura Kamenojo Takakatsu y Shimomura Shigeichi).
Uno de los soke más importantes fue el decimoséptimo, Oe Masaji. Nacido en Asahi (nakasuka) Tosa en 1852, en su juventud Oe estudió kenjutsu Kokuri Ryu y Oishi Shinkage Ryu (大石神影流), junto con Shimomura-ha Eishin Ryu (Muso Shinden Eishin Ryu: 無雙神傳英信流). A los 15 años participó en la batalla de Toba-Fushimi, tras la cual estudió Tanimura-ha Eishin Ryu bajo la dirección de Goto Magobei. También estudió bojutsu Eishin Ryu con Itagaki Taisuke. Oe heredó el liderazgo de la Tanimura-ha, convirtiéndose en su 17º director. Combinó las enseñanzas de la escuela con las de la Shimomura-ha y reestructuró su plan de estudios. Oe redujo el número de waza de unos 160 y los reorganizó en los conjuntos de waza Seiza (Shoden), Tachihiza (Chuden), Okuiai (Okuden) y kumitachi que se practican hoy en día. Aunque conservó las técnicas originales, cambió los nombres de algunos waza para facilitar su comprensión. Oe dio a la escuela reorganizada el nombre de Muso Jikiden Eishin Ryu, durante la era Taisho (1912-1926). En 1900 comenzó a enseñar kendo y Eishin Ryu en la filial de Kochi de la Dai Nippon Butoku Kai y en escuelas locales. En 1924 se convirtió en la segunda persona (después de Nakayama Hakudo) a la que la Dai Nippon Butoku Kai concedió el hanshi en iaido. Oe murió en Enokuchi el 18 de abril de 1926. Sus numerosos alumnos difundieron el Muso Jikiden Eishin Ryu iai más allá de Tosa y por todo Japón. 60 años después de su muerte, se erigió una lápida en su honor en el monte Godaisan.